提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
春节假期天气地图:我国无大范围低温雨雪冰冻 南方多地雨中迎新春******
中国天气网讯 今天(1月19日)上午,中央气象台正式发布春节假期天气预报,预计2023年春节假期(除夕至初六)我国无大范围低温雨雪冰冻等灾害天气,冷空气活动较为频繁,中东部地区气温波动较大,内蒙古东部、东北一带气温偏冷明显,部分地区将现极寒。南方多地雨水中迎新春,除夕、初一及初五前后会有阴雨,需注意出行安全。
北方冷空气频扰气温偏低 东北等地将现极寒天气
中央气象台预计,春节假期,我国无大范围低温雨雪冰冻等灾害天气;中东部地区冷空气活动频繁;北方大部地区以晴到多云天气为主,平均气温较常年同期偏低1至3℃;南方地区有一次大范围小雨过程,平均气温较常年同期偏高1℃左右。
内蒙古、黑龙江部分地区将现极寒天气。受冷涡影响,春节期间内蒙古东部和东北一带气温偏低明显,会有大片区域气温创今冬来新低,黑龙江中北部、内蒙古东部有不少地方还可能会打破1951年以来低温历史纪录。
其中,黑龙江省会哈尔滨,初一、初二最高气温仅有-23℃、-24℃,将连创今冬新低,最低气温更是会降至-35℃,实力演绎北国冬日的天寒地冻。内蒙古东部的图里河连续4天最低气温-49℃,冷得罕见,当地从1951年以来仅有两天最低气温达到-49℃以下。这些地区的小伙伴,过年一定备足最厚的装备,全副武装防寒保暖。
西北大部、华北北部气温偏低,雨雪少。除了东北地区,西北大部、华北北部春节期间气温也将会比常年同期偏低,最高气温在冰点线徘徊,最低气温跌至-10℃左右。另外这些地区雨雪稀少,春节期间在保暖防寒的同时要及时补水防燥。
华北中南部、黄淮假期初期有霾扰。除夕和初一冷空气影响间歇期,大气静稳,华北中南部、黄淮等地可能会有霾天气出现,初二开始随着冷空气的到来,空气质量好转。
南方大范围降雨来扰 华南西南等地警惕大雾
南方大部假期雨水开启。南方大部地区除夕、初一会遭遇降水,强度较弱,其中,湖北西部一带海拔较高区域可能会有雨夹雪或小雪出现;初二到初四天气转晴,只有西南地区东部可能会有分散的弱降水,但受到冷空气扩散南下影响,可能会出现4至6℃降温;到初五前后,南方雨水又将增多,春运返程或将受到影响。
西南、华南等地有雾来扰。除夕夜至初一,四川盆地南部、安徽、华南南部及沿海,北部湾、台湾海峡等地有大雾,局地能见度不足200米;初五、初六早晨时段,贵州南部、广西、广东西部等地有大雾。
西藏西南部警惕强降雪。西藏西南部在初三后会有强降雪,部分地区大到暴雪,需警惕降雪带来的不利影响。
今年,随着疫情防控政策调整,不少在外工作的人都选择了返乡过年,此时防疫并不能完全松懈。在返乡途中,依然要做好个人防护,佩戴口罩必不可少;返乡初期,要加强自我健康监测,尽量避免接触家里有基础性疾病的老人;春节期间,不熬夜,避免劳累,不大量饮酒,不暴饮暴食。
中国天气网提前祝大家春节快乐,兔年大吉,万事如意!(策划/冯玮 设计/张莉 数据支持/张娟)
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() |